近日,江西省林業(yè)科學(xué)院聯(lián)合省林業(yè)科技實(shí)驗(yàn)中心研究采用PacBio HiFi長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序結(jié)合Hi-C技術(shù)在國(guó)內(nèi)率先獲得首個(gè)染色體級(jí)別花櫚木全基因組。相關(guān)研究論文發(fā)表于《自然》子刊《科學(xué)數(shù)據(jù)》。
據(jù)介紹,花櫚木染色體水平基因組總大小為2.69Gb,BUSCO評(píng)估驗(yàn)證基因組完整性達(dá)98.20%,其中共功能注釋到37366個(gè)基因,鑒定到2518個(gè)rRNA和1120個(gè)tRNA等非編碼RNA。
該基因組的發(fā)布填補(bǔ)了花櫚木遺傳學(xué)研究的空白,作為紅豆屬物種里少有的大基因組,其高重復(fù)序列比例與LTR主導(dǎo)的特征,為解析豆科基因組擴(kuò)張機(jī)制提供了新視角,同時(shí)為花櫚木藥用成分生物合成途徑的解析及紅豆屬相關(guān)瀕危物種的保護(hù)與資源綜合開(kāi)發(fā)利用提供了重要分子依據(jù)與理論基礎(chǔ)。
(江西省林科院珍貴樹(shù)種團(tuán)隊(duì)供圖)
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